先天性肛门直肠畸形是一种新生儿常见的疾病，一般需要进行手术治疗。具体的治疗方法取决于畸形的类型和严重程度。以下是一些常见的治疗措施：
1. 手术修复：大多数肛门直肠畸形需要通过手术来进行修复。手术的目的是创造一个功能正常的肛门和直肠通道，以便排便。手术通常会在宝宝出生后的前几天或几周进行。
2. 分期手术：对于严重的肛门直肠畸形，可能需要进行多个手术来逐步修复。这样可以减少手术风险，并逐渐恢复肛门和直肠的功能。
3. 需要尿管插管：部分肛门直肠畸形患者可能伴有尿道下裂，需要行尿管插管来排尿。
4. 与其他畸形的联合治疗：有时肛门直肠畸形可能与其他畸形（如泌尿道畸形、肾脏畸形等）同时存在，治疗可能需要与其他专科的医生进行合作。
5. 随访和康复：手术后，患儿需要进行长期的随访和康复，以确保肛门和直肠功能的正常恢复，并提供相应的康复护理。
以上仅为一般性建议，具体的治疗方案需根据医生的专业意见和个体情况进行制定。提前与专科医生进行咨询和确诊非常重要。