新生儿衣原体感染是一种常见的孩童呼吸道感染，由衣原体引起。衣原体是一种细菌，可以引起肺炎、结膜炎和中耳炎等疾病。治疗方法如下：
1. 抗生素治疗：常用的抗生素包括红霉素、阿奇霉素和喹诺酮类抗生素等。抗生素可以帮助消除感染，并缓解症状。抗生素的选择和剂量应根据医生的建议进行。
2. 对症治疗：给予退热药物，如布洛芬或对乙酰氨基酚，以控制发热。鼻塞可以使用盐水滴鼻或鼻母乳。中耳炎和结膜炎等并发症的处理也要根据病情采取相应的措施。
3. 注意保持室内空气湿润，减少刺激，如室内空气过于干燥，可使用加湿器或湿毛巾。
4. 慎重使用抗生素眼药水，只有在医生指导下使用，并按照医嘱规定的剂量和使用频率使用。
5. 注意婴儿整体情况，保持婴儿的饮食与休息，加强营养，提高免疫力。
需要注意的是，对于新生儿，尤其是早产儿或免疫系统较弱的婴儿，可能需要特殊的护理和治疗。因此，在处理新生儿衣原体感染时，最好咨询儿科医生，并按照其指导进行处理。