营养代谢疾病伴发的精神障碍的治疗需要综合考虑多方面因素，并采取综合治疗措施。具体的治疗方法可以包括以下几个方面：
1. 药物治疗：根据患者具体病情和精神障碍类型，可以使用抗精神病药、抗抑郁药、抗焦虑药等药物进行治疗。这些药物可以通过调节神经递质的水平来改善精神障碍症状。
2. 营养治疗：针对营养代谢疾病的具体类型，可以通过调整饮食和营养补充来改善患者的身体状况和代谢功能。例如，在甲状腺功能异常引起的精神障碍中，可以通过给予足够的碘来改善症状。
3. 心理疏导和辅助治疗：精神障碍的治疗也需要关注患者的心理因素和心理健康。心理疏导和心理治疗可以帮助患者减轻焦虑、抑郁等症状，并增强患者的自我调节能力。
4. 康复治疗：在治疗过程中，建议患者参加康复治疗，包括体育锻炼、社交活动和职业康复等。这些活动可以提高患者的身体健康状况、提升自信心、减轻焦虑、抑郁等症状。
5. 总体管理：精神障碍有时会导致患者忽视营养代谢疾病的治疗，或者规律饮食的难度增加。因此，总体管理是非常重要的，包括定期复诊、遵守医嘱、建立良好的生活习惯等。
总之，治疗营养代谢疾病伴发的精神障碍需要综合考虑患者的病情、个体化特点和治疗目标，选择合适的治疗方法，并进行综合治疗，以提高患者的生活质量和健康水平。一定要在医生的指导下进行治疗。