进行性骨干发育不全是指生长期期间长骨的骨干发育受阻，导致身高矮小。处理进行性骨干发育不全的方法包括以下几种：
1. 药物治疗：通过使用生长激素来促进骨骼生长和增加身高。这种治疗方法适用于患者骨龄小于16岁、生长激素缺乏和其他相关疾病的患者。
2. 营养调整：保证足够的营养摄入以支持骨骼生长和身高增长。饮食应包含丰富的蛋白质、维生素D、钙和其他关键营养物质。
3. 物理治疗：包括正规的锻炼、牵引和按摩等，可以帮助促进骨骼的生长和发育。
4. 心理支持：提供心理咨询和支持，帮助患者应对身高矮小带来的心理困扰。
5. 手术治疗：对于严重矮小的患者，可以考虑进行手术治疗，如肢体延长手术等。
治疗方案应该根据患者的具体情况而定，包括年龄、骨龄、病因等因素。建议咨询医生进行个体化的治疗方案。